Jezuité v Klatovech
První dva jezuité přišli do Klatov 11. března 1636. Jejich příchodu předcházela úspěšná činnost misionáře P. Vojtěcha Chanovského z Dlouhé Vsi, který ve zdejším kraji působil od roku 1621. Podníceni jeho činností sepsali v roce 1635 katoličtí šlechtici z okolí žádost provinciálu Tovaryštstva Ježíšova, aby řád založil v Klatovech gymnázium a kolej. Vznik první jezuitské rezidence ve městě umožnil Martin de Hoef Huerta, který jezuitům daroval dva domy na náměstí, ve kterých se prozatímně usadili a už na podzim začali i vyučovat prvních šest žáků.
Záhy začali jezuité uvažovat o stavbě vlastní nové koleje a kostela. Postupně skupovali pozemky v jihozápadní části města za Černou věží. Prostředky získávali z vlastní hospodářské činnosti a z darů. Významnými donátory jezuitů byli blatenský P. Marek Saller a Václav Herolt z Komburku. V roce 1642 byla rezidence povýšena na kolej, ovšem ještě umístěná v zakoupených městských domech.
V roce 1651 dostali klatovští jezuité významný odkaz ve výši 60 000 zlatých od Jiřího Adama z Martinic a jeho sestry Lucie Otilie provdané z Kolovrat. Mohlo se začít s přípravou plánů na stavbu nové koleje a kostela. V roce 1653 se rektorem koleje stal P. Theodor Moretus, který měl už praktické zkušenosti s výstavbou jezuitské koleje v Březnici. Ten změnil dosavadní představy a plány a pravděpodobně i rozhodl o umístění kostela směrem do náměstí. Plány kostela a koleje zhotovil italský architekt Carlo Lurago. Základní kámen koleje byl položen 13. dubna 1655 a o rok později, 24. dubna 1656, se začal stavět i kostel. Záznamy o průběhu stavebních prací jezuitského komplexu jsou skoupé, nicméně z roku 1660 se dochovala zpráva o dokončení budovy školy v ceně 10 000 zlatých a k roku 1666 zpráva o tom, že rektor koleje P. Václav Schwerther povolal z Prahy nového stavitele kostela – Domenica Orsi. Stavba se však protahovala kvůli nedostatku finančních zdrojů a tak stavitel postavil budovu kostela jen v délce hlavní lodi, doplnil dvě věže v průčelí a dobudoval krypty.
V roce 1689 byl celý jezuitský komplex a město poškozen požárem založeným francouzskými paliči. Vyhořela kolej a škola, požár zachvátil i střechu kostela, věže, v interiéru byly zničeny oltáře a další vybavení. Jezuité svoji škodu odhadli na 20 000 zlatých. Přesto se vzchopili k další práci a díky pomoci dobrodinců a prodeji statku ve Štěpánovicích mohli za dva roky začít s opravami.
V letech 1992 až 1993 postavili jezuité v zahradě koleje nový seminář. V něm bydlelo 20 až 30 studentů, kteří měli veškeré zaopatření placené z peněz donátorů - ubytování, stravu, ošacení, vzdělávání poskytovali jezuité zdarma.
V roce 1709 se stavby kostela ujímá třetí stavitel – Kryštof Dientzenhofer, který dokončil příčnou loď a kněžiště a kostel dostavěl do současné podoby. V roce 1717 dokončil Jan Hiebel fresky kupole a oltáře, které jsou dodnes vrcholnou ukázkou barokního iluzionismu. Práce na kostele pokračovaly ještě několik desetiletí. Postupně se doplňovalo vybavení kostela, byla položena kamenná dlažba, vybavena sakristie, doplněny oltáře. Obrazy na oltářích a v kaplích jsou od I. Raaba, F. X. Palka, J. Heinsche, J. P. Molitora. Pravděpodobně v letech 1736–1743 byla provedena úprava průčelí kostela, která je zřejmě právem připisována K. I. Dientzenhoferovi . V roce 1743 bylo chrámové průčelí vyzdobeno sochami čtyř řádových světců od stříbrského sochaře J. Hanny.
Rostoucí počet studentů si vyžádal postavení nové budovy gymnázia, která vznikla v letech 1720–1721 hned za kostelem. V 18. st. na zdejším gymnáziu studovalo až 300 studentů.
Dne 21. července roku 1773 vydal papež Klement XIV. breve, jímž byl jezuitský řád zrušen. Císařovna Marie Terezie přidělila všechny statky a majetky Tovaryšstva zvláštnímu studijnímu fondu, který se stal ekonomickou základnou chystané školské reformy. V klatovské koleji se v té době nacházelo 38 kněží a laických bratří, z nich někteří v Klatovech zůstali a jako světští kněží nadále vyučovali na gymnáziu. Jmění klatovské koleje bylo odhadnuto na 289 140 zlatých. Budova koleje byla již za dva roky poskytnuta k užívání vojsku a proměnila se na kasárna. V semináři a jezuitské škole probíhala výuka až do roku 1778, kdy bylo gymnázium přesunuto do Písku. Kostel sv. Ignáce byl v roce 1793 s veškerým vybavením a klenoty přenechán městu. Seminář si roku 1818 odkoupili klatovští měšťané a zřídili v něm měšťanský pivovar.