Historie krypty
Krypty pod klatovským jezuitským kostelem, který je zasvěcen Neposkvrněnému početí Panny Marie a sv. Ignáci, byly vybudovány jako součást stavby kostela v letech 1656-1676. Podle plánů stavitelů se staly pohřebištěm příslušníků jezuitského řádu a jeho dobrodinců z řad okolní šlechty a měšťanů. V letech 1676 až 1783 zde bylo uloženo k věčnému spánku více než 200 zemřelých. V roce 1784 císař Josef II. pohřbívání v kryptách z hygienických důvodů zakázal. Mezi svými bratry je zde uložen i pater Vojtěch Chanovský z Dlouhé Vsi, misionář působící v 17. století v jihozápadních Čechách, který inicioval pozvání jezuitů do Klatov.
Kostel je vybudován podle typologie jezuitského kostele Il Gesu v Římě. Krypty mají důmyslný větrací systém. Ventilačními otvory ve stěnách je nasáván studený vzduch zvenku a vertikální komíny odvádějí teplý vzduch až pod střechu kostela. Všechny komíny jsou propojeny horizontálními průduchy. Těla zesnulých byla uložena do dubových rakví na vrstvu hoblin a obložena chmelem. Přirozená ventilace v kryptách vedla k vysušení těl.
Koncem 19. století se však některé místnosti začaly využívat k jiným účelům. Byly probourány dveře do ulice a naopak zazděny některé průchody, z krypt se staly sklady. Od 20. let 20. století se katakomby staly významnou turistickou atrakcí a příliv návštěvníků zvyšoval teplotu a vlhkost v kryptách. Ve 30. letech 20. století došlo i k zasypání některých vertikálních komínů - tím byla přirozená ventilace krypt narušena a v prostředí se zvyšovala vlhkost. To vedlo k tomu, že se velká část mumií rozpadla. V roce 1937 bylo 140 zničených mumií pohřbeno na hřbitově sv. Jakuba do společného hrobu. Místo uložení ostatků připomíná pamětní kámen.
V roce 1981 začal Ing. Jan Červenák, specialista v oboru techniky prostředí, provádět vstupní průzkumy a měření mikroklimatu v kryptách. Byly instalovány pomocné ventilátory a obnoveno horizontální proudění. V roce 2011 byly vyčištěny vertikální komíny. Krypty byly rozděleny na muzejní část s řízenou ventilací a pietní část s přirozenou cirkulací vzduchu. Byl vytvořen nový vstup do katakomb, osazeny dveřní předěly mezi muzejní a pietní částí. Situaci zlepšily i další stavební úpravy v r. 2021, kdy byly odstraněny nevhodně vytvořené nebo naopak zazděné průchody. Ventilační systém je znovu funkční.
Od 70. letech 20. století se také zlepšila péče o mumie. O jejich stav se začali starat odborní konzervátoři. Při rekonstrukci expozice v r. 2011 bylo týmem konzervátorek pod vedením Jany Strakové provedeno odborné ošetření mumií. Mumie byly následně uloženy do nových rakví se skleněnými víky. V současnosti konzervátorky provádí 2-3 kontroly ročně a jednou za 5 let odborné ošetření těl a rakví. Dnes je v katakombách 39 mumií a kosterních ostatků.